Можно попробовать изменить отношение к происходящему и порадоваться, что у малыша - тяга к землепашеству. Цветок, безусловно, жалко, но и после первого и даже десятого объяснения он вряд ли поймет. Мои девочки мне иногда все помидоры по одному из баночек вытаскивали и рядом складывали, в рядок - мол, посмотри, как красиво. Держитесь!
Может дать ему совочек и небольшую щётку и пусть собирает всю землю на совок, а потом обратно её в горшок высыпает и постарается её больше не трогать, а то цветочку больно и он будет плакать и тогда все Славины машинки утонут. Как вам такая идея объяснения с сыном?